本会のロゴマークは2023年5月~7月にかけて募集されたロゴマーク案の中から第三回若手交流会で参加者からの投票を経て決定されました。
蛋白質科学会若手の会の略称であるYPSNをアミノ酸の構造式を組み合わせて表現しています。